纽约中央公园动物园中，狮子亚力克斯（本·斯蒂勒配音）、斑马玛蒂（克里斯·洛克配音）、长颈鹿梅尔曼（大卫·史维默配音）、河马格洛莉娅（贾达·萍克特·史密斯配音）是一群从小被人类养大的好伙伴，他们的气质风度自然有别，而且脾气禀性也各不相同，在设施先进、食物可口的安逸的圈养条件下，面对着形形色色的游人，一道儿打发着波澜不惊的岁月，生活虽然很枯燥，但他们确实很习惯，以为自己所应拥抱的世界就是眼前的这个样子，直到有一天，生性不甘寂寞的玛蒂在一群好事企鹅的帮助下侥幸地逃出了动物园，四个好伙伴平静的生活由此打破。亚力克斯、梅尔曼、格洛莉娅决定逃出动物园寻找玛蒂，但就在脱逃计划成功之后不久，动物园的工作人员在地铁站抓住了他们并将他们装箱准备托运到非洲，然后放生于大自然。运送的路上，在企鹅的阴差阳错的“协助”下，几个伙伴终于获得了自由并漂流到了马达加斯加岛，但已经饭来张口习惯了的他们在第一次踏入原始森林的好奇心渐渐淡去过后，又将如何适应这弱肉强食的野外生活？他们第一次拥抱大自然的结果将会怎样？