冰果外传第二季在各个憧憬展开"玫瑰色"高中生活的学生之中，折木奉太郎却是一个"灰色"的节能主义者，没有必要的事都不会主动去做。本应没有兴趣参加课外活动的他，却因为姐姐的命令而加入了其学校神山高中的“古籍研究社”。该部今年招揽到奉太郎在内的四名新社员，成功避过废社危机。然而，众人随即卷入三十二年前的谜团之中。当年突然逃学的社长，留下了一本命名为《冰果》的社刊，内里竟隐藏着一些引人落泪的讯息…… 与Geass的少女相遇后，节能少年的生活便发生了巨大的改变。